こんにちは。
ご質問ありがとうございます。
サブドメインへのインストールは何ら問題ありません。
ただ、以下の２点だけご注意ください。
１）インストール場所を間違えないこと（サーバーの仕様によって、インストール先ディレクトリが異なります）
２）データベースを上書きしないこと
特に２ですが、既存のデータベースを新規データベースで上書きしてしまう人が結構いらっしゃいます。
間違いを防ぐためにも、できるだけ手動でデータベースを作成し、インストールすることをオススメします。
また念の為、すでに運営中のサイトのデータベースもバックアップを取っておくと安心です。
